אחראי על פיתוח וביצוע מדיניות ההסתדרות הציונית העולמית, על הניהול השוטף של הארגון, באופן שיגשים את מדיניות הנהלת ההסתדרות הציונית העולמית.
המנכ"ל ממונה על כל המחלקות המקצועיות של הארגון: כספים, משאבי אנוש ומשרדי המוסדות התחיקתיים. לשכת המנכ"ל מרכזת את הועדה לשליחויות קצרות ואחראית על הכנת תוכנית העבודה והתקציב השנתי של הארגון. המנכ"ל מטפל בכל המשימות המוטלות עליו על ידי יו"ר ההסתדרות הציונית העולמית וההנהלה.
החטיבה למשאבי אנוש מטפלת במעגל החיים של העובד בארגון וכן בפיתוח הארגוני. בין היתר מטפלת החטיבה בנושאים הבאים: גיוס ומיון עובדים חדשים, ניהול מכרזים, החתמת עובדים על חוזי עבודה, קביעת תנאי עבודה ושכר של עובדים, טיפול במערכת נוכחות של העובדים, כולל רישום חופשות ומחלות, מתן דרגות, טיפול בלימודים והכשרות לעובדים, הערכת עובדים, טיפול בהטרדות מיניות, פיתוח ארגוני, אבחון ויעוץ ארגוני, קביעת הגדרות תפקיד, הדרכה וסיוע לעובדים חדשים, שילוב אנשים עם מוגבלויות בהצ״״ע, ארגון ימי עיון ועוד.
בנוסף החטיבה למשאבי אנוש והעומד בראש מרכזים את הועדות הבאות: ועדת כ"א, הועדה לתנאי שירות, ועדת השכלה, ועדת רכב ועוד.
המחלקה לכספים מופקדת על הכנת תקציב ההסתדרות הציונית העולמית וניהולו השוטף, בכפוף למדיניות הארגון ותחת אחריות המנכ"ל. הוצאה תקציבית הינה בהתאם לנהלי התקציב שבאחריות המחלקה לכספים, אשר אמונה לביצוע התשלומים השונים והעברות הכספים.
המחלקה לכספים אמונה גם על תהליכי הרכש והמכרזים ויישום מדיניות הרכש של הארגון והוצאתה לפועל, באמצעות איתור ספקים, קבלת הצעות מחיר, ניהול משא ומתן וכו', במסגרת רכישות שוטפות של המחלקות השונות. ועדת הרכש, בראשות מנכ"ל המחלקה לכספים, דנה ומחליטה בבקשות להתקשרויות עם ספקים לרבות תנאי ההתקשרות, היקפם ועלותם. כל הפרויקטים המגיעים לוועדה נבדקים, על כל היבטיהם הכלכלי הכספי והמשפטי.
הועדה מתכנסת בהתאם לצורך.
המשרד למוסדות תחיקתיים הינו המשרד המרכז את כלל הפעילות של מוסדות התנועה הציונית. המוסדות אשר פעילותם השוטפת מנוהלת על ידי המשרד למוסדות תחיקתיים הינם הקונגרס הציוני , הוועד הפועל הציוני ובית הדין הציוני העליון. המשרד מארגן את הקונגרס המתכנס אחת לחמש שנים על כל היבטיו: ועדת מנדטים, ועדת בחירות אזורית, ועדת בחירות מרכזית, ועדה מכינה, ועדה מתמדת ועוד, את ועד הפועל הציוני המתכנס אחת לשנה ומרכז את העבודה השוטפת של נשיאות הועד הפועל, ועדת הכספים וועדת הביקורת.
לקראת כל אירוע ולאחריו המשרד דואג לתת שירותים לסיעות ולאירגונים, הזמנות לוועדות, ביצוע החלפות של חברים, ניהול ישיבות נשיאות, עידכונים שוטפים, וכן שירותים להנהלה ולמוסדות הלאומים לפי הצורך והבקשות. המשרד גם ממונה על נושא ציונים ותיקים מול נציבות שירות המדינה.
