צירי הקונגרס הציוני בוחרים את הנהגת ההסתדרות הציונית העולמית ואת חברי הוועד הפועל הציוני, וממלאים תפקיד משמעותי בקביעת בעלי התפקידים השונים במוסדות הלאומיים האחרים.
להלן רשימה חלקית של תפקידי המפתח והמחלקות בהסתדרות הציונית ובמוסדות הלאומיים, נכון לערב הקונגרס הציוני המיוחד:
עומד בראש ההסתדרות הציונית העולמית על כל מחלקותיה ויחידותיה, ומייצג את ההסתדרות הציונית העולמית כלפי יתר המוסדות הלאומיים. אחראי לניהול ישיבות ההנהלה ולמימוש החלטות הקונגרס והוועד הפועל הציוני, יוזם ומפתח פרויקטים כלל ארגוניים ומייצג את המוסדות הלאומיים באירועים ממלכתיים. לשכת היו"ר אחראית בין היתר על הניהול הכולל של התקציב והכספים, על יחידת הדוברות ויחסי הציבור, על גיוס משאבים, על הלשכה המשפטית ועל כל תחום שאינו בידי חבר הנהלה אחר.
סמכותו של סגן יו"ר ההנהלה הציונית היא בראש ובראשונה גיבוש התקציב של ההסתדרות הציונית העולמית ופיקוח על יישומו. תחומי פעילות נוספים שלו כוללים הסברה למען ישראל וחינוך ציוני, פיתוח של מוזיאון ומרכז הרצל, הקמת קמפוס חדש לארכיון הציוני, פיתוח אתר האינטרנט של ההסתדרות הציונית העולמית, ופרסומים.
החטיבה להתיישבות פועלת במסגרת ההסתדרות הציונית העולמית ועוסקת, כזרוע של ממשלת ישראל.
ייעודה העיקרי של החטיבה להתיישבות הוא חיזוק הפריפריה של מדינת ישראל באמצעות הקמת ישובים כפריים וביסוסם בכל תחומי החיים.
החטיבה להתיישבות פועלת בנגב, בגליל, בגולן, ביהודה ושומרון ובבקעת הירדן, ופעילותה מתוקצבת על-ידי מדינת ישראל.
המחלקה לפעילות בתפוצות אחראית על קירוב וביסוס הקשר בין יהודי העולם לישראל. המחלקה פועלת לחיזוק מעמדן של הציונות ושל מדינת ישראל, על מנת להפכן לחלק בלתי נפרד של הזהות היהודית של יהודי התפוצות, באמצעות יצירת מרחב הזדמנויות שמאפשר חיבור לישראל גם במציאות משתנה ומורכבת. המחלקה מציעה מגוון עשיר של תכניות לחיזוק העמיות היהודית בתפוצות, המעודדות שיח ומזמנות היכרות עם התרבות הישראלית, מייצרות חוויה אינטלקטואלית ורגשית ומהוות פלטפורמה לחיבור בין דומים ושונים בהשקפות עולם, מתוך כוונה להדגיש את המכנה המשותף – שותפות גורל וחיבור למדינת ישראל. המחלקה לפעילות בתפוצות מקיימת פעילות בקהילות גדולות וקטנות בחמש יבשות באמצעות שליחים ישראליים ועובדים מקומיים ובשיתוף פעולה עם הפדרציות הציוניות, ועם כלל הזרמים, התנועות והארגונים בכל מדינה ומדינה.
המחלקה לפעילות בישראל ולמאבק באנטישמיות פועלת למיצוב מעמדה של ההסתדרות הציונית העולמית כארגון הציוני המוביל בישראל, באמצעות דרכים שונות, כגון: הפקת אירועים סביב נושאים ציוניים ותאריכים בעלי חשיבות היסטורית, הפעלת פרויקטים בשיתוף משרדי ממשלה, קיום חידון הציונות והמורשת, ארגון סיורים ציוניים במוסדות הלאומיים ובאתרי מורשת בירושלים וברחבי הארץ, ועוד. בנוסף, המחלקה פועלת להעצמת הזהות הציונית והזיקה למדינת ישראל בקרב ישראלים, הן בארץ והן בתפוצות.
זאת ועוד, המחלקה פועלת לחיזוק פעילות ההסתדרות הציונית העולמית בהסברה ובמאבק באנטישמיות ומיצובה כארגון-גג בינלאומי הנאבק בגילויי השנאה כנגד יהודים וכנגד מדינת ישראל, ויוזמת פעילות הסברה ברחבי העולם להשגת מטרות אלו.
המחלקה מפעילה את אתר האינטרנט הארגוני וכן פעילה מאוד ברשתות החברתיות ככלי להפצת פעילותה של ההסתדרות הציונית העולמית, להסברה ולמאבק בתופעות אנטישמיות בכלל, ובאינטרנט בפרט.
המערך לשירותים רוחניים פועל לחיזוק הזהות היהודית-ציונית בקהילות היהודיות בתפוצות, לחיזוק הקשר למדינת ישראל והעם היהודי ולטיפוח הזיקה למורשת ישראל.
לשם השגת מטרות אלו, המערך מקיים פעילות ענפה בקרב הרבנים ומנהיגי הקהילות היהודיות, המתבצעת בסיוע השליחים התורניים הפועלים בארצות השונות: עורך סמינרים לרבנים ברחבי תבל ומקיים כנס שנתי בינלאומי בישראל, מוציא לאור פרסומים חינוכיים ולימודיים, משגר שליחי "בן עמי" לשנת שירות בקהילות ולחגי תשרי ופסח, ויוזם פעילויות רבות נוספות.
המחלקה לחינוך עוסקת בקידום החינוך היהודי-ציוני ובטיפוח השפה העברית בישראל ובתפוצות.
המחלקה פועלת למיצוב מעמדה של ההסתדרות הציונית העולמית כארגון המוביל לחינוך ציוני בעולם, להעצמת הזהות היהודית-ציונית ולחיזוק הזיקה למדינת ישראל. זאת נעשה באמצעות הפצת השפה העברית, שיגור שליחי הוראה, פיתוח תכנים חינוכיים, מתן הכשרה מקצועית והשתלמויות למורים ואנשי חינוך בתפוצות, ועוד. המחלקה חותרת ליצירת שיתופי פעולה עם ממשלת ישראל בקידום ובהפעלת פרויקטים ציוניים חינוכיים ותרבותיים, הן במערכות החינוך הפורמלי והן בחינוך הבלתי פורמלי .
המחלקה לעידוד עלייה פועלת בקרב קהילות יהודיות בתפוצות במטרה להציג בפניהן את אפשרות העלייה לישראל ולעודד את העולים הפוטנציאליים לגבש החלטה חיובית בנושא.
לשם כך, המחלקה יוזמת ומקדמת מיזמים התומכים ומעודדים את תהליך העלייה לישראל, ביניהם כנסי הסברה, אולפנים ללימוד עברית ברחבי העולם, ועוד.
המחלקה פועלת בשיתוף פעולה הדוק עם משרד העלייה והקליטה ועם החברה הלאומית לעידוד עלייה, "אופק ישראלי".
המחלקה למפעלים ציוניים פועלת למען הנחלתו וחיזוקו של המוסר הציוני והיהודי על ידי הטמעת ערכי תיקון עולם ועשיית צדק חברתי, ברוח חברת המופת של הרצל. ה"אני מאמין" של המחלקה הוא כי עשייה חברתית למען כלל אזרחי ישראל ולמען כל אדם הינם נדבך מרכזי בציונות. המחלקה אחראית על שורה של מוסדות ויחידות סמך, אחראית על תחום בוגרי תנועות הנוער המגשימות בחו"ל, ועל חידון התנ"ך הבינלאומי למבוגרים בתפוצות, וכן מפעילה מגוון מיזמים חברתיים וציוניים שנועדו לקדם את החזון של חברת המופת.
הוועד הפועל הציוני הוא המוסד העליון בתנועה הציונית בתקופות שבין הקונגרסים. לוועד הפועל הציוני יש כל הסמכויות של הקונגרס, פרט לסמכויות ששמורות לקונגרס באופן מפורש. הוועד הפועל הציוני דן ומתווה את מדיניותה של ההסתדרות הציונית בנושאים ובסוגיות על סדר יומו של העם היהודי, תוך קיום דו-שיח עם נציגי החברה הישראלית וקהילות יהודיות ברחבי העולם. בנוסף, וועד הפועל הציוני מפקח ובמידת הצורך מחליט על אופן היישום של החלטות הקונגרס והוועד הפועל על-ידי ההנהלה.
האגף האמריקאי דואג לאינטרסים של ההסתדרות הציונית העולמית בארצות הברית.
היעד העיקרי של הארכיון הוא איסוף מסמכים לצורך שימור, חשיפה והנגשה לציבור של חומרי הארכיון של התנועה הציונית. הארכיון הציוני המרכזי פועל כארכיון ההיסטורי של ההסתדרות הציונית העולמית, הסוכנות היהודית, הקרן הקיימת לישראל, המגבית המאוחדת לישראל והקונגרס היהודי העולמי.
נשיאות הקונגרס הציוני מפקחת על התנהלות הקונגרס. לנשיאות הקונגרס יש מספר זכויות מיוחדות, כמו הזכות להזמין אנשים או ארגונים הנחשבים כרצויים בקונגרס (ללא זכויות הצבעה או נאום). צירי הקונגרס הציוני בוחרים את הנשיאות במושב הפתיחה.
נשיא בית הדין הציוני העליון נבחר על-ידי צירי הקונגרס הציוני ומדווח במושב הפתיחה של הקונגרס על תוצאות הבחירות לקונגרס. נשיא בית הדין אחראי על מינוי יו"ר וועדת הבחירות המרכזית, הגוף המפקח על כך שכל הבחירות שמתקיימות בתפוצות נערכות על-פי עקרונות הדמוקרטיה.
מבקר ההסתדרות הציונית העולמית נבחר על-ידי צירי הקונגרס הציוני על סמך המלצות הוועדה המייעצת. דוח המבקר נמסר לידי הצירים של הקונגרס הציוני העולמי, והם מקבלים החלטות על סמך דוח זה.
פרקליט ההסתדרות הציונית העולמית נבחר על-ידי צירי הקונגרס הציוני.
תפקידו של הפרקליט מוגדר בחוקה כך: "הפרקליט ייצג את ענייני ההסתדרות הציונית העולמית .... לפני בית הדין וייעץ למוסדות הציוניים המרכזיים בענייני חוק ומשפט הקשורים בחוקה זו, בהחלטות הקונגרס, החלטות הוועד הפועל הציוני והחלטות ההנהלה וביחסי המוסדות הציוניים המרכזיים בינם לבין עצמם ובינם לבין מוסדות אחרים או ציונים יחידים."
