כ-75% מצירי הקונגרס הציוני נבחרים בבחירות דמוקרטיות. פעילים ציוניים מהתפוצות יכולים לרוץ בבחירות בתור מועמדים עצמאיים או כחברי הברית הציונית העולמית. הפדרציות הציוניות המקומיות (למשל, הפדרציה הציונית של צרפת) אחראיות על קיום בחירות לקונגרס הציוני בתפוצות ובאופן כללי, בבחירות לקונגרס שנערכות בתפוצות נבחרים 173 מתוך 525 הצירים הנבחרים לקונגרס הציוני.
בישראל הבחירות לכנסת הן למעשה הבחירות לקונגרס הציוני. לדוגמה, אם בבחירות האחרונות לכנסת שנערכו לפני הקונגרס הציוני אחת המפלגות הפוליטיות הציוניות בישראל קיבלה 30% מהקולות, מפלגה זו זכאית לבחור 30% מצירי הקונגרס הציוני מטעם ישראל. בסך הכול ישראל שולחת לקונגרס הל"ח 200 צירים.
נוסף על הצירים שנבחרים בבחירות, קיימים 11 ארגונים ציוניים בינלאומיים ששולחים לקונגרס הציוני מספר קבוע של צירים. במצטבר, ארגונים אלו בעלי "מעמד מיוחד" שולחים לקונגרס הל"ח 230 צירים.
